[자연과학] 일반생물학 실험 - Restriction Enzyme Digestion

Restriction Enzyme Digestion
생체 내에서는 필요에 따라 Nucleic acid를 합성하기도 하지만 때로는 분해도 한다. 분해의 방법 중 제일 대표적인 것은 없애야할 Nucleic acid를 잘라버리는 것이다. Nucleic Acid를 자른다는 것은 nucleotide들이 연결되어 있는 phosphodiester bond를 끊어내는 것을 의미한다. 이런 역할을 하는 효소를 nuclease라고 하며 바깥쪽에서부터 자르는가 안쪽을 자르는가에 따라서 각각 exonuclease, endonuclease라고 부른다. Endonuclease의 대표적인 것이 바로 제한효소(restriction enzyme, restriction endonuclease)이며, DNA에 존재하는 특정한 염기서열을 인식하고 인식한 서열부위 또는 그 근처에 존재하는 특정부위를 절단한다. 제한효소는 원래 세균이 자신의 세포 내로 침입해 들어오는 바이러스와 같은 외부 DNA를 제거하기 위한 방어기전으로 가지고 있는 것이며, 자신의 DNA는 절단부위의 염기(adenine, cytosine)를 Methylation시켜서 자신의 제한효소가 자신의 DNA를 자를 수 없게 보호하고 있다. 제한효소는 여러 종류가 있는데, 보통 DNA 상에서 4개 이상의 대칭성 염기를 인식하면서 절단한다.
제한효소는 두 가…(생략)

① 대칭면의 중심이 잘리는 경우 (blunt end, flush end)

② 대칭면의 주위가 잘리는 경우 (sticky end, cohesive end, 5`-overhang end)

예1) Eco RI 효소의 절단 부위: cohesive end 형성

1. DNA와 buffer, dH2O를 먼저 섞고 마지막에 제한효소를 넣는다.

2. 기포가 생기지 않게 주의하면서 섞는다.

3. 약 3~5초간 briefly centrifuge하여 반응할 재료들이 바닥에 모이도록 한다.

4. 37℃에서 적당 시간 반응시켜 DNA가 충분히 절단되도록 한다.

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