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_SLIDE_1_
Structure and function of type II
restriction endonucleases
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순서
1. THE DIVERSITY OF RESTRICTION ENDONUCLEASES
2. THE SIMILARITY OF RESTRICTION ENDONUCLEASE
STRUCTURES
3. THE INTERACTION OF RESTRICTION
ENDONUCLEASES WITH DNA
4. DNA BINDING AND TARGET SITE LOCATION
5. DNA RECOGNITION
6. COUPLING BETWEEN RECOGNITION AND CATALYSIS
7. THE MECHANISM OF CATALYSIS OF
PHOSPHODIESTER BOND CLEAVAGE BY
RESTRICTION ENDONUCLEASES
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THE DIVERSITY OF RESTRICTION ENDONUCLEASES
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Restriction endonuclease는 무엇인가?
1. 특이적으로 restriction endonuclease 인식 부위에 근접한 곳이나 내부를 절단하는 것
2. nucleolytic activity를 위해 ATP 가수분해를 필요로 하지 않는다는 것
THE DIVERSITY OF RESTRICTION …(생략)
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-타겟 부위의 위치를 가속화시킴
DNA BINDING AND TARGET SITE LOCATION
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One Binding에서 약 106bp 스캔 가능
효과적으로 Sliding 거리 단축
Mg2+ 이온 환경은 효과적 슬라이딩 거리에 영향미침
DNA 내 효소 기능 빠른 속도를 필요로 하는데,
Linear Difussion이 이를 충족
(Sliding, Hopping, Intersegment transfer도 포함)
DNA BINDING AND TARGET SITE LOCATION
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DNA RECOGNITION
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제한효소가 Target DNA Linear Diffusion 하는 동안 인식 위해 지속적으로 Major groove와 minor groove를 조사하는 현상
-EcoRI family-sticky ends
-EcoRV family-blunt ends
DNA RECOGNITION
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EcoRI family-sticky ends
- EcoRI
- MunI
- BglII
- BsoBI
- NgoMIV
DNA RECOGNITION
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DNA RECOGNITION
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EcoRV family-blunt ends
- EcoRV
- BglI
DNA RECOGNITION
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EcoRV
BglI
DNA RECOGNITION
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Recognition과 Catalysis 사이의 Coupling
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Restriction Endonuclease에 의해 DNA
Binding은 강하고 중요하게 우선적으로
recognition site에 binding
2가의 금속 이온 cofactors의 존재여부도 중요
Intrasubunit 뿐만 아니라 inters
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